Бо таъсис ёфтани ИИГ 9-уми сентябри соли 1991 шӯъбаи таърих  этнография ва фарҳанг (бо теъдоди 6 нафар корманд) бояд таъсис дода мешуд.  Вале аз сабаби набудани мутахассисони касби (номзадҳо ва ҳайати профессорон) ин шӯъба соли 1991 ташкил карда нашуд. Вале, барои таъсис додани шӯъбаи дин фалсафа ва сотсиология дар он  солҳо замина вуҷуд дошт, зеро ки академик, доктори илмҳои фалсафа Хайёл Додихудоев, номзадҳои илмҳои фалсафа  Абӯсаид Шохуморов ва Сунатулло Ҷонбобоев ба Помир омада аз рӯзи якуми таъсисёбии ИИГ ба фаъолияти кори худ оғоз намуданд. Академик Хайёл Додихудоев  нахустин сарвари  Институт, ҳамчунин  нахустин мудири шӯъбаи  дин фалсафа ва сотсиологияи ин Институт  таъин гашт. Абӯсаид Шохуморов ва Сунатулло Ҷонбобоев ба ҳайси ходимони илм дар ин шӯъба корҳои илми тадқиқотии худро оғоз намуданд.  Ҳамчунин дар шӯъбаи фалсафа нахустин кормандони хурди илми Назиров Н. Мамадсаидов М. ва лаборанткаи калон Азорабекова Ш. ба кор гирифта шуданд.      Сентябри соли 1994  А. Шохуморов мудири шӯъба таъин гашт.     Кормандони ин шӯъба то соли 1999 асосан мавзӯъҳои динӣ ва фалсафиро (аниқтараш таъриху фалсафаи мазҳаби исмоилия ) - ро  мавриди омӯзиши хеш қарор додаанд, ва дар ин ҷода  дар  шароити вазнини иқтисодию фазои хуби маънавӣ   ба мувафаққиятҳои калон ноил гаштанд. Соли 1999 номи шуъба   ба шӯъбаи таърих бостоншиносӣ, таърих ва мардумшиносӣ иваз  карда шуд ва мудири он н.и.т. дотсент Элчибеков Қ таъин гашт.  Солҳои 2000-2008, 2012-2014 мудири шуъба номзади илми таърих М. Алимшоев буд ва баъдан аз солҳои 2008-2012,  аз соли 2014 то ба имрӯз ба ҳайси мудири шуъба номзади илмҳои таърих А. Шоинбеков  фаъолият дорад.

Дар тули ин солҳо мавзуи асосии тадқиқотии кормандони ин шуъба  фалсафа, дину фарҳанг, таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносӣ буда  дар ин ҷода олимону ходимони илмии он Х. Додихудоев, А. Шохуморов, С. Ҷонбобоев, Қ. Элчибеков, Т. Қаландаров, М. Алимшоев, Қ. Аламшоев, А. Шоинбеков, У. Мамадшерзодшоев, Д.Ниёзбеков, И. Карамова,  Ш. Азорабекова, Ш. Шоҷамолова саҳмгузорӣ намудаанд.  

Тайи ин солҳо олимони ин шуъба корҳои илмӣ-тадқиқотии бунёдиро ба сомон расонда, рисолаҳоеро ба монанди “Памир страна ариев”, “Разделение Бадахшана и судьбы исмаилизма” (А. Шохуморов), “Шугнанцы”, “Путешествие в страну рубиновых гор” (Т.С.Каландаров), рисолаи дастаҷамъии “История Горно-Бадахшанской автономной области” (Р. Масов, Х. Пирумшоев, М. Бубнова, А. Ранов, М. Шерғозиев, Н. Назаршоев, Ш. Юсуфбеков, М. Алимшоев ва диг.), “Шириншоҳ Шоҳтемур”  «Фарҳанги шикор дар Помир».  (Қ. Аламшоев), “Рисолаи тибби Шоҳзодамуҳаммад ибни Сайидфаррухшоҳ”(таҳияи У. Мамадшерзодшоев), “Философия Абу Хатима Рази и ранный исмаилизм” (Д. Ниёзбеков), Шогуни баҳор. (Ш.Юсуфбеков, А.Шоинбеков), «Прошлое-зеркало будущего» (И.Карамова), «История  взаимоотношений Российской пограничной службы на Памире с местным населением в конце ХIХ-начале ХХ вв.»  (М. Алимшоев ), “Эҳёи ҳунарҳои мардумии Помир” (Ш. Азорабекова) ва ғайраҳо нашр гардидаанд.

  Кормандони шуъба дар ташкил ва гузаронидани конфронсҳо, симпозиумҳо, экспедитсияҳои тадқиқотии саҳроии археологию этнографӣ, кофтукови археологӣ, ҷамъ овардани маводҳои шифоӣ, хаттӣ ва дигар осорҳои моддӣ, ташкили осорхонаи хурди назди Институт, ташкили фестивалҳо, тарғибу ташвиқи таърих, фарҳанги мардуми Бадахшон таввассути ахбори омма саҳмгузоранд.

Кормандони шуъба бо аксарияти муассисаҳои илмӣ ва Донишгоҳҳои Тоҷикистон, ИАЭ РАН- ш.Москва, МАЭ РАН-и ш. Санкт-Петербурги Россия робита дорад.