После долгих лет в 1967 году по инициативе, и поддержке исследователей памирсих языков в Таджикистане с Указом Президиума Академии наук ССР при Институте языка и литературы имени Рудаки был открыть сектор памирских языков. Наряду с изучением бесписьменных малых памирских языков была потребность изучать фольклор народов Бадахшана. Таким образом, в 1974 году сектор памирских языков в связи с выполнением работ и в языковом направлении и фолклор был преобразован в отдел памироведения. В течение 25-и лет заведующим отделом этого сектора был профессор Д. Карамшоев. В 60-е годы 20-го столетия в Институте языка и литературы имени Рудаки начали свою научную деятельность специалисты – представители Памира.
Сектор памироведения был переведён в Хорог в 1989 году, заведующим отделом опять назначили профессора Карамшоева. В 1991 году были созданы два отдела: отдел памирских языков и фольклор Бадахшана. С 1-го июля 1993 года сектор памирских языков объединили с отделом фольклора Бадахшана, который в свою очередь преобразовался в отдел Памирской филологии.
Отдел памирской филологии в 1996 году разделили на два отдела: памирских языков и фольклор и литература Бадахшана. В 1999 заведующим отделом памирских языков был назначен кандидат филологических наук, доцент Аламшоев Мукбилшо, который работал на этом посту до 2019 года. В январе 2020 года заведующим отделом была назначена кандидат филологических наук Холикназарова Сакина, которая до 2022 года занимала эту должность. С января 2022 года испольнителем заведующая отделом памирских языков была назначена научный сотрудник данного отдела Назаршоева Чилла.
История изучения памирских языков можно разделить на два периода: до революции и после. В свою очередь эти два периода делятся на разделы , которые дали толчок в формировании иранской филологии (памирские языки). Начало изучения памирских языков с 70-х годов, когда ученый Р.Шоу предоставлял некоторые сведения о памирских языках. Позднее опубликованые материалы Шоу были использованы чешским востоковедом В.Томашек с целью определения этимологических соответствий и место памирских языков среди иранских языков.
Основа для изучения памирских языков в России был создан профессором Петербургского Университета К.Г.Залеманом. Рукопись военного инженера Д.Л.Иванова, который в 1883 году с целью путешествия приезжал на Памир, был использован академиком К.Г.Залеманом в 1895 году и была опубликована под названием “Шугнанский словарь Д.Л.Иванова” .
В 30-е годы XX - го столетия в изучение памирских языков в Таджикистане большой вклад внёс С.И.Климчитский. С его участием впервые был составлен алфавит памирских языков на основе латинской графики.
Всестороннее систематическое и последующее изучение памирских языков связано с знаменитыми учеными – норвежский востоковед (памировед) Г.Моргенстьерне и российский ученый И.И.Зарубин.
Памироведческая школа Зарубина в советский период была основана в Ленинграде, Москве и позднее в Таджикистане. Развитие памироведческих школ Ленинграда и Москвы было тесно связанно с деятельностью учеников И.И.Зарубина В.С. Соколовой, А.Н. Болдиревой, М.Н. Боголюбовой, А.З. Розенфельда, А.Л. Грюнберга, В.А. Лившица, И.М. Стеблин-Каменского, В.С. Расторгуевой, В.И. Абаева, Т.Н. Пахалиной, Д.И. Эдельман.
В течение 30 –лет научные сотрудники отдела завершили работу по структуре памирских языков, и завершили колоссальную работу по изучению разных категорий памирских языков, их сравнительно-исторические стороны, ономастику, топонимику, и этнолингвистические особенности этих языков. Научные сотрудники отдела за 30 лет своей научной деятельности опубликовали шесть экземпляров серии сборника “Памирские языки и фольклор”, “Вопросы памирской филологии”, “Вопросы памироведения”.
За этот период (ныне покойные Н. Шакармамадов, Ш. Юсуфбеков), М. Аламшоев, Н. Офаридаев, И. Рахимов, защитили докторские диссертации, Мирзоев Ш., Броимшоева М., Некушоева Ш., Фозилов Д., Имматшоева М., Холикназарова С., Назарова З. защитили кандидатские диссертации. Подготовлены к защите кандидатские диссертации Ч. Назаршоевой и Н. Ризвоншоевой, докторские диссертации Ш. Некушоевой и М. Броимшоевой.
Велика заслуга учёных отдела памирских языков Д. Карамшоева, Ш. Юсуфбекова, М. Аламшоева и Н. Офаридаева как в укреплении отрасли памироведения, так и в подготовке научных специалистов. Под их непосредственным руководством ведётся исследование по вопросам памирских языков и их диалектов. В том числе под руководством Д. Карамшоева - 6 человек защитили кандидатские диссертации и 1 человек докторскую диссертацию, под руководством Ш. Юсуфбекова - 3 человек защитили кандидатские диссертации, под руководством Н. Офаридаева - 8 человек защитили кандидатские диссертации и 1 докторскую, под руководством М. Аламшоева -2 человека защитили кандидатские диссертации.
Наряду с этими сотрудниками отдела были написаны официальные и неофициальные отзывы на кандидатские и докторские диссертации. Сотрудники отдела наряду с научными исследованиями активно участвуют в общественной жизни института. Главный научный сотрудник отдела д.ф.н. Н. Офаридаев активно участвовал в разработке проекта «Закон о языке Республики Таджикистан», и по сей день ведёт заметную практическую работу по его реализации.
Сотрудники отдела сегодня ведут научные исследования по различным вопросам лексики, грамматики, фразеологии, составления словарей, исследование ономастики памирских языков, изучение этих языков в сравнительно-историческом плане, исследование топонимии Памира и сопредельных стран.